Οι σφαγές της Τρίτης 25 Αυγούστου 1898 στο Ηράκλειο καθόρισαν τις μετέπειτα εξελίξεις και οδήγησαν τις μεγάλες δυνάμεις στην άμεση απόφαση της εκδίωξης του τουρκικού στρατού από το νησί.
Στις 24 Αυγούστου 1898, είχε γίνει στα Χανιά και το Ρέθυμνο η παράδοση των φορολογικών γραφείων, χωρίς να υπάρξει κανένα επεισόδιο. Στο Ηράκλειο όμως η κατάσταση ήταν έκρυθμη. Οι Άγγλοι, που είχαν την ευθύνη του τμήματος Ηρακλείου, είχαν επιχειρήσει να εγκαταστήσουν τη νέα φορολογική αρχή, χωρίς επιτυχία, αφού οι βασιβουζούκοι της πόλης είχαν αντιδράσει.
Όταν το επιχείρησαν εκ νέου, στις 25 Αυγούστου, αποδείχτηκε ότι δεν είχαν λάβει τα μηνύματα, αντιμετωπίζοντας και πάλι με χαλαρότητα ή ακόμη και υπεροψία τις προειδοποιήσεις για αντίδραση του μουσουλμανικού όχλου.
Από το πρωί εκείνης της ημέρας, βασιβουζούκοι, τούρκικος όχλος δηλαδή, συγκεντρώνονταν στο λιμάνι και στις γύρω περιοχές. Ο σκοπός ήταν προφανής: να εμποδίσουν την εγκατάσταση της νέας φορολογικής αρχής, υπό τον Στυλιανό Αλεξίου, επιφανή παράγοντα της πόλης, εκδότη, πατέρα της Γαλάτειας, της Έλλης και του Λευτέρη Αλεξίου.
Όταν γύρω στις 2.30 το μεσημέρι η ολιγάριθμη, σε σχέση με τον ορατό κίνδυνο των αντιδράσεων εκατοντάδων ένοπλων βασιβουζούκων, αγγλική φρουρά επιχείρησε να εγκαταστήσει τον Στυλιανό Αλεξίου ως ελεγκτή του γραφείου και τους υπαλλήλους, ο Τούρκος φύλακας αρνήθηκε να παραδώσει τα κλειδιά για να εγκατασταθεί η νέα αρχή. Την ίδια ώρα η φρουρά δέχτηκε πυροβολισμούς, που φυσικά ανταπέδωσε, και άρχισε η σφαγή.
Οι Άγγλοι στρατιώτες δεν ήταν περισσότεροι από 60, έχοντας να αντιμετωπίσουν εκατοντάδες ένοπλους βασιβουζούκους. Ακολούθησαν στιγμές κόλασης.
Το εξαγριωμένο πλήθος των Οθωμανών κυνήγησε ανελέητα κάθε χριστιανό. Σκότωσε 18 Σκωτσέζους της φρουράς, εισέβαλε στο αγγλικό προξενείο, στο σπίτι δηλαδή του προξένου Λυσίμαχου Καλοκαιρινού, τον οποίο επίσης δολοφόνησε, ενώ στις σφαγές στους δρόμους και τα σπίτια βρήκαν το θάνατο εκατοντάδες κάτοικοι. Τον αριθμό τους και τον οριστικό κατάλογο ουδέποτε μάθαμε μέχρι τώρα.
Οι αρχικές αναφορές των εφημερίδων τις επόμενες ημέρες ήταν για 1.000 θύματα. Ο κοινά παραδεκτός όμως αριθμός θα πρέπει να μην υπερβαίνει τα 450, αριθμός ασφαλώς τρομακτικός, ούτως ή άλλως.
Παράλληλα κρατώντας δοχεία με πετρέλαιο έβαζαν φωτιά σε κάθε χριστιανικό κατάστημα ή σπίτι, κατακαίοντας την πόλη.