Το βράδυ της 26ης Σεπτεμβρίου του 2000 το «Εξπρές Σάμινα» αναχωρεί από τον λιμένα του Πειραιά με 533 άτομα, από τα οποία τα 472 ήταν επιβάτες και τα υπόλοιπα 61 το πλήρωμα. Περί ώρα 22.12 ενώ το πλοίο πλησιάζει να προσεγγίσει τον λιμένα της Παροικιάς (πρωτεύουσα-χώρα) της Πάρου, με ανέμους 8 μποφόρ, 2 μίλια ανοικτά της Πάρου, ωρα 22.15 προσκρούει με ταχύτητα 18 κόμβων, στις νησίδες «Πόρτες Πάρου» με συνέπεια το πλοίο να υποστεί ρήγμα στα δεξιά ύφαλά του, μήκους περίπου τριών μέτρων, στη βάση του δεξιού πτερυγίου ευσταθείας, το νερό να κατακλύσει το μηχανοστάσιο του πλοίου, παίρνοντας γρήγορα κλίση προς τα δεξιά και μετά 25 λεπτά να βυθιστεί.
Μεγάλος πανικός προκλήθηκε στους επιβαίνοντες λόγω της συσκότισης που προκλήθηκε στο πλοίο από ηλεκτρική βλάβη καθώς δεν λειτούργησε ούτε η εφεδρική ηλεκτρογεννήτρια (emergency generator) αλλά και από την απουσία ειδοποίησης της σειρήνας έκτακτης ανάγκης αλλά και της σχετικής ενημέρωσης από τα φορητά μεγάφωνα του πλοίου , με πολλούς από αυτούς να πηδούν στη θάλασσα.
Αρχικά το περιστατικό στο θάλαμο επιχειρήσεων του Υπουργείου Εμπορικής Ναυτιλίας (ΥΕΝ) δεν εμπνέει κάποια ανησυχία παρ’ ότι διαφορετική εικόνα έδιναν οι επιβαίνοντες, επικοινωνώντας μέσω κινητών τηλεφώνων με τηλεοπτικούς σταθμούς. Μετά από αρκετή ώρα το Λιμεναρχείο Πάρουδιατάσσει όλα τα παραπλέοντα σκάφη να σπεύσουν στον τόπο του ναυαγίου με πρώτους να φτάνουν στο σημείο του ναυαγίου οι ψαράδες, ενώ στην συνέχεια και σκάφη του Λιμενικού . Μέρος των διασωθέντων μεταφέρθηκαν στο Κέντρο Υγείας της Πάρου. Ο λιμενάρχης Πάρου, Δημήτρης Μάλαμας, έχασε τη ζωή του το ίδιο βράδυ από το άγχος και την πίεση κατά τη διάρκεια της επιχείρησης για τη διάσωση των ναυαγών.
Έπειτα από 12μηνη έρευνα, οι διορισμένοι πραγματογνώμονες (Απ. Παπανικολάου, καθηγητής ΕΜΠ, Ι. Βεντούρας, πλοίαρχος Α’ τάξεως, Γ. Δημητριάδης, αντιπλοίαρχος Π.Ν., Θ. Λουκάκης, καθηγητής ΕΜΠ και Εμ. Μανιός, ναυπηγός) παρέδωσαν στις 25 Σεπτεμβρίου του 2001 στον ειδικό εφέτη ανακριτή την έκθεσή τους.
Συγκεκριμένα:
- Οι χειρισμοί του πληρώματος φυλακής γέφυρας ακόμα λίγα λεπτά πριν τη πρόσκρουση ήταν ανεπαρκείς, προκειμένου να αποφευχθεί η σύγκρουση. Περίπου 15 λεπτά πριν την πρόσκρουση, το πλοίο κατά παράβασιν τών κανόνων ασφαλούς πλοήγησης σε συνδυασμό με τις δυσμενείς καιρικές συνθήκες που επικρατούσαν και εκτός ελέγχου της πραγματικής του θέσης, έπλεε με χρήση αυτόματου πιλότου (autopilot) με ευθύνη του πληρώματος φυλακής γέφυρας και το ακριβές στίγμα του πλοίου δεν ήταν γνωστά στον υποπλοίαρχο.
- Κατά παράβαση του πιστοποιητικού ασφαλείας, οι υδατοστεγείς πόρτες ήταν όλες ανοιχτές ενώ θα έπρεπε να ήταν ερμητικά κλειστές, με ευθύνη του πλοιάρχου και του υποπλοιάρχου.
- Οι αξιωματικοί του μηχανοστασίου μετά την πρόσκρουση δεν ειδοποίησαν έγκαιρα τον πλοίαρχο και τον υποπλοίαρχο για την ύπαρξη ρήγματος, παραλείποντας να κλείσουν τις υδατοστεγείς πόρτες (ηλεκτρικό πίνακα ή το χειροκίνητο σύστημα) τις 3 από τις 11 με αποτέλεσμα την ταχεία κατάκλυση υδάτων στο εσωτερικό του σκάφους. Η καθυστέρηση ειδοποίησης του πλοιάρχου ήταν 8-10 λεπτά.
- Δεν τέθηκε σε λειτουργία η σειρήνα έκτακτης ανάγκης για εγκατάλειψη του πλοίου και της σχετικής ενημέρωσης από τα μεγάφωνα του πλοίου, με ευθύνη του πλοιάρχου καθώς επίσης δεν υπήρξε καθοδήγηση από το ανωτέρω πλήρωμα, για οργανωμένη εκκένωση του πλοίου.
- Πολλά σωσίβια δεν ήταν εφοδιασμένα με λαμπτήρες σήμανσης και δεν διέθεταν σφυρίχτρες.
- Το πλοίο λίγο μετά την πρόσκρουση βυθίστηκε στο σκοτάδι, η ηλεκτρογεννήτρια έκτακτης ανάγκης (emergency generator) εντός ολίγων λεπτών μετά την σύγκρουση λόγω βλάβης έπαψε να λειτουργεί.
- Η παράλειψη διαβίβασης στίγματος του ναυαγίου, με αποτέλεσμα τη δυσχέρεια των ενεργειών έρευνας και διάσωσης με ευθύνη του πλοιάρχου και του ασυρματιστή του πλοίου. O ασυρματιστής ισχυρίστηκε πως από την πρώτη στιγμή έδωσε το στίγμα μέσω του «Ολύμπια Ράδιο» και του «Καναλιού 4».
Σε ανθρώπινο λάθος επισημαίνει στην έκθεση πραγματογνωμοσύνης που κατέθεσε στις 31 Μαΐου του 2001 ο δύτης Νικόλαος Λαμπράκος καθώς το πλοίο ακολουθούσε λάθος ρότα (40-50 μοίρες) ενώ δεν τέθηκαν σε λειτουργία οι υδατοστεγείς πόρτες. Ο δύτης είχε καταγγείλει κατά τις πρώτες του καταδύσεις τον Οκτώβριο του 2000 ότι γίνονταν προσπάθειες αλλοίωσης των στοιχείων του ναυαγίου. Συγκεκριμένα είχε αναφέρει πως κατά την πρώτη του κατάδυση στο πλοίο, το ραντάρ ήταν ακέραιο και μετά το βρήκε σπασμένο, ενώ από τη γέφυρα κάποια όργανα της κονσόλας είχαν αφαιρεθεί αλλά και συρτάρια που είχαν ψαχτεί αλλά και ότι κατά τις πρώτες μέρες του ναυαγίου βρέθηκαν ηλεκτρόδια οξυγονοκοπής στο βυθό.Στον πλοίαρχο, τον υποπλοίαρχο και την ελλειπή εκπαίδευση του πληρώματος επέρριψε τις ευθύνες για το ναυάγιο και ο παραιτηθείς δύτης Ηλίας Στεφανάκος.
Ο Πέτρος Μαντούβαλος, συνήγορος του υποπλοιάρχου Αναστάσιου Ψυχογιού, είχε αμφισβητήσει την αξιοπιστία των δύο δυτών και είχε ζητήσει από τον ειδικό εφέτη-ανακριτή την εξαίρεση τους από προανακριτικό έργο. Το ποινικό μητρώο του δύτη Ν. Λαμπράκου βαρύνονταν με κατηγορίες και καταδίκες για κλοπές σε βαθμό κακουργήματος και εξαιρέθηκε από τις έρευνες προσωρινά μέχρι να του δοθεί αθωωτικό βούλευμα για τις κατηγορίες.
Ο Ηλίας Στεφανάκος αναγκάστηκε να παραιτηθεί κάτω από το βάρος των πιέσεων του συνήγορου υπεράσπισης Πέτρου Μαντούβαλου αλλά και με την παρουσία του στα γραφεία της πλοιοκτήτριας εταιρείας την ημέρα του θανάτου του εφοπλιστή Παντελή Σφηνιά που όξυναν την ήδη βεβαρυμένη κατάσταση γι’ αυτόν. Ο Ηλ. Στεφανάκος διαγράφηκε από τον πίνακα Πραγματογνωμόνων Πρωτοδικείου Πειραιώς επειδή «δεν διαθέτει τα ουσιαστικά κυρίως προσόντα που απαιτούνται και δεν είναι πρόσωπο κατάλληλο για τη διενέργεια πραγματογνωμοσύνης». Ο Ηλίας Στεφανάκος είχε επιληφθεί και για το ναυάγιο Φ/Γ Δύστος.
Ο 55χρόνος εφοπλιστής-αντιπρόεδρος-διευθύνων σύμβουλος της Μinoan Flying Dolphins και πρόεδρος της Ένωσης Εφοπλιστών Ακτοπλοΐας (ΕΕΑ), Παντελής Σφηνιάς, μη αντέχοντας το βάρος της τραγωδίας και της πίεσης που του ασκήθηκε έδωσε τέλος στη ζωή του το πρωί της 29ης Νοεμβρίου του 2000 πέφτοντας από τον έκτο όροφο του κτιρίου της εταιρείας στην Ακτή Κονδύλη στον Πειραιά.
Σύμφωνα με τις τοξικολογικές εξετάσεις που υπέγραψε ο Ιατροδικαστής Πειραιά Νικόλαος Kαλόγριας, ο Π. Σφηνιάς ήταν σε κατάσταση βαριάς μέθης ενώ είχε κάνει και χρήση αντικαταθλιπτικού φαρμάκου κατά την διάρκεια της αυτοκτονίας.