Δίπλα στην καρδιά της πόλης και λίγες δεκάδες μέτρα από την πλατεία του Αγίου Μηνά, στην οδό Ταξιάρχου Μαρκοπούλου βρίσκεται ο ναός του Αγίου Ματθαίου, που πανηγυρίζει στις 16 Νοεμβρίου.
Ναός αγαπημένος και ξεχωριστός σε μια γειτονιά του παλιού αστικού Ηρακλείου στο κέντρο της πόλης, συγκεντρώνει πολλούς πιστούς σε καθημερινή βάση. Μνημείο πίστης, τέχνης και ιστορίας καταλαμβάνει τη δική του ξεχωριστή θέση στο Ηράκλειο.
Πρόκειται για το σιναΐτικο μετόχι του Αγίου Ματθαίου κτίστηκε το 1508 πάνω στα ερείπια παλαιότερου Βυζαντινού ναού. Ο ναός είναι μνημείο ιστορίας καθώς αποτέλεσε το μοναδικό Χριστιανικό ναό που λειτουργούσε τα πρώτα χρόνια της Τουρκοκρατίας.
Οι κατακτητές την σεβάστηκαν γιατί είχε προνόμια κατοχυρωμένα με σουλτανικό φιρμάνι. Αυτή η μικρή εκκλησία του Αγίου Ματθαίου δεν είχε μόνο το δικαίωμα να λειτουργεί στα δύσκολα χρόνια της μαύρης σκλαβιάς, αλλά και να παρέχει άσυλο στους χριστιανούς που διώκονταν και κινδύνευαν.
Ξαναχτίστηκε το 1508
Οι πρώτες αναφορές στους καταλόγους των εκκλησιών του Χάνδακα αποδεικνύουν ότι ανήκε στη Β’ βυζαντινή περίοδο. Ξανακτίστηκε, με τη σημερινή του μορφή, μετά το σεισμό του 1508, όπου έπαθε μεγάλες καταστροφές. Στον περίβολο του ναού είναι ορατά και σήμερα αρχιτεκτονικά μέλη (κιονόκρανα και κίονες) που υποδηλώνουν την ύπαρξη της παλαιότερης εκκλησίας στη θέση αυτή.
Οθωμανική περίοδος
Από τις αρχές της οθωμανικής περιόδου, το 1669, ο ναός έγινε μετόχι της Μονής Σινά καθώς παραχωρήθηκε από τις οθωμανικές αρχές στους Σιναΐτες μοναχούς σε αντάλλαγμα της Μονής της Αγίας Αικατερίνης που είχε μετατραπεί σε τζαμί. Έτσι, σε όλη τη διάρκεια της οθωμανικής κυριαρχίας, ο ναός αποτελούσε καταφύγιο των χριστιανών. Στον περίβολό του έχουν ταφεί επιφανείς Ηρακλειώτες, που σκοτώθηκαν στις Κρητικές Επαναστάσεις εναντίον των Οθωμανών και στη σφαγή της 25ης Αυγούστου 1898, όπως ο Λυσίμαχος Καλοκαιρινός, πρόξενος της Βρετανίας την εποχή εκείνη.
Σύγχρονη χρήση του ναού
Σήμερα ο ναός φιλοξενεί συλλογή εικόνων, στην οποία περιλαμβάνονται σημαντικά έργα της Κρητικής Σχολής, όπως «η Σταύρωση» του Γεωργίου Καστροφύλακα (1752), «ο Άγιος Τίτος και σκηνές του βίου των 10 μαρτύρων» του Ιωάννη Κορνάρου (1773) και άλλα μεταξύ των οποίων και δύο ανυπόγραφες εικόνες του Μιχαήλ Δαμασκηνού.
Στη Συλλογή που φιλοξενείται στο χώρο του ναού υπάρχει έκθεση εικόνων όπου περιλαμβάνονται σημαντικά δείγματα της Κρητικής Σχολής. Η σελίδα του Υπουργείου Πολιτισμού αναφέρει:
Τα σημαντικότερα εκθέματα της Μονής είναι:
– Άγιος Συμεών Θεοδόχος, τέλη 16ου αιώνα,
– Άγιος Φανούριος, 1688. Χειρ Ιωάννου ιερέως του Κολυβά,
– Αγία Παρασκευή, 17ου αιώνα,
– Παναγία η Αμόλυντος, 1780. Χειρ Βίκτωρος,
– Προφήτης Ηλίας και σκηνές του Βίου του. Χειρ Γεωργίου Κυδωνιάτου, 1752,
– Σταύρωση. Γεωργίου Καστροφύλακος, 1752,
– Άγιος Τίτος και σκηνές του βίου των 10 μαρτύρων. Ιωάννης Κορνάρος, 1773,
– Άγιος Χαράλαμπος και μαρτύριο του Αγίου. Ιωάννης Κορνάρος, 1773,
– Επιτάφιος θρήνος, 1753,
– Ιωάννης Πρόδρομος, 17ος αιώνας.