Σαν σήμερα, στις 26 Σεπτεμβρίου 1989, στις 7:58 το πρωί, ο Παύλος Μπακογιάννης πέφτει νεκρός από μέλη της τρομοκρατικής οργάνωσης 17 Νοέμβρη.
Η δολοφονική επίθεση πραγματοποιήθηκε στην είσοδο πολυκατοικίας της οδού Ομήρου στο κέντρο της Αθήνας, όπου στεγαζόταν το γραφείο του, βυθίζοντας στο πένθος τον πολιτικό κόσμο.
Ο τότε 54χρονος βουλευτής μεταφέρθηκε άμεσα στο Νοσοκομείο «Ευαγγελισμός», όπου εξέπνευσε μία ώρα αργότερα.
Την ίδια μέρα, σε συνεδρίαση της Βουλής που μεταδιδόταν την ίδια ώρα από την τηλεόραση, ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης, χειροκροτούμενος απ’ όλες τις πτέρυγες, είπε: «Να είναι το αίμα του Παύλου Μπακογιάννη το τελευταίο που χύνεται άδικα σ’ αυτόν τον τόπο».
H τραγική ειρωνεία ήταν πως εκείνη την ημέρα εγκρίθηκε από την Ευρωπαϊκή Ένωση η χρηματοδότηση του προγράμματος για την Ευρυτανία, που ο ίδιος είχε καταρτίσει.
Κηδεύτηκε στο Καρπενήσι, στις 29 Σεπτεμβρίου 1989 παρουσία πλήθος κόσμου και υπό συνθήματα κατά της τρομοκρατίας.